NISAで損をしたらどうなるか｜損益通算できない口座の注意点

NISAは、投資で得た売却益や一定の配当・分配金が非課税になる制度です。利益が出たときに税金がかからないため、長期の資産形成に使いやすい口座として広く利用されています。

一方で、見落とされやすい注意点があります。NISA口座で損失が出た場合、その損失は税務上「なかったもの」として扱われます。つまり、特定口座や一般口座の利益と損益通算したり、翌年以後に繰り越したりすることはできません。

ここを知らないまま売却すると、「損をした分を税金で少し取り戻せるはず」と考えていた人ほど、あとで違和感が残ります。NISAは利益が非課税になる反面、損失も税務計算から外れる口座です。

この記事では、NISAで損をしたときに税金はどうなるのか、課税口座なら何が違うのか、売却前に何を確認すべきかを整理します。

先に結論｜NISAの損失は税金を減らす材料にならない

NISAで損をした場合の結論はシンプルです。NISA口座で発生した売却損は、税務上の損失として使えません。

国税庁は、NISA口座で取得した上場株式等を売却して生じた損失はないものとみなされるため、特定口座や一般口座で保有する上場株式等の配当等や譲渡益との損益通算、繰越控除はできないと案内しています。

たとえば、NISA口座で投資信託を100万円で買い、80万円で売ったとします。20万円の損失が出ていますが、その20万円を特定口座の利益から差し引くことはできません。翌年以後に繰り越して、将来の利益と相殺することもできません。

損益通算と繰越控除とは何か

まず、言葉を簡単に整理します。

損益通算とは、一定の利益と損失を同じ年の中で差し引きすることです。上場株式等の課税口座で損失が出た場合、一定の要件のもとで、他の上場株式等の譲渡益や、申告分離課税を選んだ一定の配当等と通算できることがあります。

繰越控除とは、その年に通算しきれなかった損失を、翌年以後に繰り越して将来の利益から差し引く制度です。国税庁は、一定の上場株式等の譲渡損失について、確定申告により翌年以後3年間にわたり繰越控除できる場合があると説明しています。

ただし、これは主に課税口座側の話です。NISA口座で出た損失は、この損益通算や繰越控除の対象になりません。

配当金と損益通算の入口は、配当金と税金｜NISA・特定口座・確定申告の違いを整理するでも整理しています。

特定口座・一般口座とNISA口座の違い

同じ投資信託や株式でも、どの口座で保有しているかによって、税金の扱いは変わります。

特定口座や一般口座は課税口座です。利益が出れば原則として課税されますが、損失が出た場合には、一定の範囲で損益通算や繰越控除を検討できます。

一方、NISA口座では、売却益や一定の配当・分配金が非課税になります。その代わり、損失が出ても税務上は使えません。利益と損失の両方が、税金の計算から切り離されるイメージです。

口座ごとの全体像は、特定口座・一般口座・NISAの違い｜税金と確定申告で選ぶ口座も参考になります。

NISAで損をしたときに起きやすい誤解

NISAの損失まわりでは、次のような誤解が起きやすくなります。

誤解1｜NISAでも損をしたら税金が戻る

NISAの損失は、税務上の損失として扱われません。したがって、NISA口座で20万円の損失が出ても、それだけで所得税や住民税が戻るわけではありません。

誤解2｜特定口座の利益と相殺できる

NISA口座の損失は、特定口座や一般口座の利益とは損益通算できません。特定口座で利益が出ていても、NISAの損失をぶつけて税金を減らすことはできません。

誤解3｜確定申告すればNISA損失も繰り越せる

課税口座の上場株式等の譲渡損失では、一定の要件で繰越控除を検討できます。しかし、NISA口座の損失は繰越控除の対象外です。確定申告をしても、NISA損失を翌年以後に持ち越すことはできません。

誤解4｜NISAで損をしたら必ず不利

これも言い切れません。NISAは利益が出たときの非課税メリットが大きい制度です。ただし、損をした場合は税務上使えないため、「利益が出たときは非課税、損が出たときは通算不可」という非対称性を理解して使う必要があります。

含み損の商品をNISAで売る前に確認したいこと

NISAで含み損の商品を売るかどうかは、税金だけでは決められません。なぜなら、売っても税務上の損失として使えないからです。

売却前には、次の順番で確認すると判断しやすくなります。

1. そのお金を使う時期が近いか
   生活費、教育費、住宅関連費、退職後の支出など、使う予定が近い資金なら、価格変動を抑える判断が優先されることがあります。
2. 買った理由がまだ残っているか
   長期で保有する前提の商品なら、一時的な値下がりだけで売る必要があるのかを確認します。逆に、商品選びの前提が崩れたなら見直し候補になります。
3. 資産配分が偏っていないか
   株式、債券、預金、現金のバランスが崩れている場合、損益ではなくリスク量を整えるために売却することがあります。
4. より納得できる商品に入れ替える理由があるか
   手数料、分散性、投資対象、運用方針を確認し、単なる値下がりへの不安ではなく、合理的な入れ替え理由があるかを見ます。
5. 売却後の非課税枠の扱いを理解しているか
   新NISAでは、売却した商品の簿価分の非課税保有限度額が翌年以後に再利用できます。ただし、同じ年の年間投資枠がすぐ戻るわけではありません。

売却後の枠復活は、NISAの売却ルールと非課税枠の復活｜いつ売るとどう戻るのかで詳しく整理しています。

課税口座を使う意味が残るケース

NISAは強力な非課税口座ですが、すべての投資をNISAだけで考えればよいわけではありません。

課税口座には、利益が出れば課税されるというデメリットがあります。一方で、損失が出た場合には、一定の範囲で損益通算や繰越控除を検討できる余地があります。

たとえば、短期で売買する可能性が高い資金、損益を細かく管理したい投資、NISAの非課税枠をすでに使い切った後の投資などでは、特定口座を使う意味が残ります。

ただし、損益通算や繰越控除は「損をすれば必ず得」という制度ではありません。確定申告の手間、配当等の申告方法、健康保険料や扶養への影響なども、人によって確認が必要です。

NISAの損失を見たときの判断フロー

NISAで含み損を抱えたときは、次のように整理してみてください。

NISAは、短期で税金を調整するための口座ではありません。長期で利益を非課税にするための制度として、損失時の扱いも含めて理解しておくことが大切です。

まとめ｜NISAは「利益非課税」と「損失は税務上使えない」をセットで見る

NISAで損をした場合、その損失は特定口座や一般口座の利益・配当等と損益通算できません。翌年以後に繰り越して、将来の利益から差し引くこともできません。

これは、NISAの欠点というより、非課税口座の基本的な性質です。利益が税金の計算から外れる代わりに、損失も税金の計算から外れます。

したがって、NISAで含み損の商品を売るかどうかは、「税金で取り戻せるか」ではなく、資金を使う時期、投資方針、資産配分、商品を持ち続ける理由で判断する必要があります。

NISAを使うときは、利益が出たときの非課税メリットだけでなく、損失が出たときの扱いもセットで理解しておきましょう。

参考にした公的情報

• 国税庁「No.1535 NISA制度」
• 国税庁「No.1474 上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除」
• 金融庁「NISAを知る：NISA特設ウェブサイト」

本記事は、2026年7月19日時点で確認できる公的情報をもとに作成しています。税務上の判断は個別事情で変わることがあるため、実際の申告や売却判断では税務署、税理士、利用している証券会社の最新資料も確認してください。