自宅を売ると税金はいくらかかるか｜譲渡所得の計算と3,000万円特別控除

住み替えや実家の整理で自宅を売ると、まとまった金額が動きます。 そのときに「税金はいくら取られるのか」がわからず、売る決断が止まってしまうことがあります。

結論から言うと、多くのマイホームでは税金がかかりません。 ただしそれは特例を使ったうえで確定申告をした場合の話です。 申告しなければ特例は適用されず、税務署からのお尋ねが届いてから慌てることになります。

結論｜税金は「売れた金額」ではなく「もうけ」にかかる

3,000万円で売れたから3,000万円に課税される、ということはありません。 課税されるのは譲渡所得、つまり売れた金額から買ったときの費用と売るためにかかった費用を引いた残りです。

この式は給与や年金とは合算されません。土地や建物の譲渡所得は分離課税で、単独で税率をかけて計算します。 年収が高いほど税率が上がる仕組みではないため、現役世代でも退職後でも、同じもうけなら同じ税額になります。

取得費と譲渡費用に何を入れられるか

注意したいのは建物です。建物は使うほど価値が減るという考え方をとるため、購入代金をそのまま取得費にはできません。 購入代金から所有期間中の減価償却費相当額を差し引いた額が建物の取得費になります。土地は減価償却しません。

取得費がわからないときは「売った金額の5%」になる

何十年も前に買った家や、親から引き継いだ家では、購入時の契約書が見つからないことがあります。 この場合は譲渡価額の5%を取得費とみなして計算できます。

税率は所有期間で2段階に分かれる

復興特別所得税は所得税額の2.1%で、令和19年分まで上乗せされます。

マイホームなら3,000万円の特別控除がある

住んでいた家を売る場合は、譲渡所得から最高3,000万円を差し引けます。所有期間の長さは問いません。 もうけが3,000万円以下なら、この控除だけで税額はゼロになります。

「住まなくなってから3年を経過する日の属する年の12月31日まで」という期限は、実務でよくつまずくところです。 2026年5月に引っ越したなら、3年後の2029年5月を過ぎた年末、つまり2029年12月31日までに売る必要があります。 空き家のまま置いておくと、この期限を静かに越えてしまいます。

なお、この特例を使うためだけに一時的に住んだ家、別荘のように趣味・保養のために持っている家は対象外です。

10年超所有なら軽減税率が重ねられる

売った年の1月1日時点で家屋と敷地の所有期間がともに10年を超えている場合は、3,000万円控除を引いた後の金額にさらに低い税率を使えます。

3,000万円特別控除と軽減税率は併用できます。長く住んだ家ほど、この2つが効いて負担は小さくなります。

具体例で計算する

25年前に土地・建物あわせて3,500万円で購入した自宅を、5,000万円で売った場合を考えます。 仲介手数料などの譲渡費用は170万円、建物の減価償却費相当額は900万円とします。

税額はゼロですが、確定申告は必要です。申告して初めて特例が適用されるためです。

では、購入時の契約書が見つからず概算取得費を使う場合はどうなるか。取得費は5,000万円×5%＝250万円となり、 差引は4,580万円、3,000万円を控除しても1,580万円が残ります。所有期間10年超の軽減税率を使っても税額はおよそ224万円です。 書類の有無だけで200万円以上変わります。

損が出たときは他の所得と相殺できることがある

買ったときより安く売れた場合、土地建物の譲渡損失は原則として給与や年金と相殺できません。 ただしマイホームには例外があり、住宅ローンのある新居に買い換える場合などは、損失を給与所得等と損益通算し、 引ききれない分を翌年以後3年間繰り越せます。

この特例は住宅ローン控除と併用できます。売って損が出たときこそ、申告する価値があります。

相続した実家を売るとき

自分が住んでいない実家を売る場合、通常の3,000万円特別控除は使えません。かわりに2つの制度があります。

空き家の3,000万円特別控除

取得費加算の特例

相続税を納めた財産を売るときは、負担した相続税のうち一定額を取得費に上乗せできます。 期限は相続開始の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日まで、 つまり相続開始から実質3年10か月です。相続税がかからなかった場合は使えません。

売る前の名義や境界の整理については「不動産を相続したら最初にやること」で扱っています。 相続登記や遺産分割が終わっていないと、そもそも売却の手続きに進めません。

見落としやすい3つの影響

1. 住宅ローン控除が使えなくなることがある

旧居で3,000万円特別控除を受けると、新居の住宅ローン控除が受けられなくなる場合があります。 新居に入居した年とその前後の一定期間に旧居を売って特例を使うと、控除の対象から外れる仕組みです。 買い換えではどちらが得かを先に比べてください。3,000万円控除で浮く税額より、10年以上続くローン控除のほうが大きいこともあります。

2. 翌年の国民健康保険料などが上がる

譲渡所得は、国民健康保険料・後期高齢者医療保険料・介護保険料の算定に使う所得に含まれます。 ここで使われるのは特別控除を引いた後の金額です。3,000万円控除で譲渡所得がゼロになれば保険料への影響もありません。

逆に控除しきれない額が残ると、売った翌年の保険料や医療費の窓口負担割合が上がることがあります。 現役を引退して年金と保険料で暮らしている世帯ほど、この影響は無視できません。

3. 申告しないと特例は適用されない

特別控除や軽減税率は自動では適用されません。売った翌年の確定申告で、 譲渡所得の内訳書を添えて申告して初めて適用されます。会社員で普段は年末調整だけの人も、売った年は申告が必要です。

まとめ｜書類・期限・申告の3点で決まる

自宅を売ったときの税金は、売れた金額の大きさではなく、もうけがいくら残るかで決まります。 そしてそのもうけは、購入時の書類があるかどうかで大きく変わります。

期限も効きます。所有期間は売った年の1月1日で数え、住まなくなった家は3年を経過する日の属する年の年末まで。 相続した実家も相続から3年を経過する日の属する年の年末まで。いずれも「あと少し待とう」が命取りになります。

そして、税額がゼロでも申告は必要です。売却を決めたら、まず購入時の契約書を探し、次に売る時期を確認し、 金額が大きい場合や相続がからむ場合は税理士に相談してください。

参考資料

• 国税庁「No.3302 マイホームを売ったときの特例」
• 国税庁「No.3305 マイホームを売ったときの軽減税率の特例」
• 国税庁「No.3208 長期譲渡所得の税額の計算」
• 国税庁「No.3211 短期譲渡所得の税額の計算」
• 国税庁「No.3258 取得費が分からないとき」
• 国税庁「No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」
• 国税庁「No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」
• 国税庁「No.3370 マイホームを買い換えた場合に譲渡損失が生じたとき」

本記事は2026年8月6日時点の公開情報をもとに作成しています。 税制は改正され、適用の可否は物件・所有期間・過去の特例適用歴などの個別事情によって変わります。 実際の申告にあたっては国税庁の最新の情報をご確認のうえ、税務署または税理士にご相談ください。