住み替えや実家の整理で、自宅を5,000万円で売ることになった。税金はいくら取られるのか分からず、決断が止まってしまう人は少なくありません。

実は、多くのマイホームでは税金がかかりません。ただしそれは、特例を使ったうえで確定申告をした場合の話です。申告しなければ特例は適用されず、税務署からのお尋ねが届いてから慌てることになります。

自宅を売ったときの税金を、譲渡所得の計算、所有期間による税率、3,000万円特別控除、確定申告の順に整理した図解
税金は「売れた金額」ではなく「もうけ」にかかります。

この記事で分かること

  • 税金がかかるのは売れた金額ではなく「もうけ」で、購入時の書類の有無で大きく変わること
  • 所有期間で税率が約2倍変わり、判定は「売った年の1月1日」で行われること
  • マイホームの3,000万円特別控除と10年超の軽減税率、相続した実家の特例
  • 住宅ローン控除や翌年の国民健康保険料への影響

結論｜もうけが3,000万円以下なら、申告すれば税額はゼロ

税金がかかるのは売れた金額ではなく、そこから買ったときの費用と売るための費用を引いた「もうけ」です。住んでいた家なら、このもうけから最高3,000万円を差し引けるので、3,000万円以下なら税額はゼロになります。超えた分には、所有期間5年超なら20.315%、5年以下なら39.63%の税率がかかります。

もうけの計算と、取得費が分からないとき

このもうけを譲渡所得といいます。

譲渡所得の計算式

譲渡所得 ＝ 譲渡価額 －（取得費 ＋ 譲渡費用）－ 特別控除額

このもうけは給与や年金とは合算されません。土地や建物の譲渡所得は分離課税で、単独で税率をかけて計算します。現役世代でも退職後でも、同じもうけなら同じ税額です。

買ったときの費用（取得費）には、購入代金や建築代金、購入時の仲介手数料、登録免許税・不動産取得税・印紙税、リフォームなどの設備費・改良費が入ります。売るための費用（譲渡費用）は、売却時の仲介手数料や印紙税、貸家を売るための立退料、建物を取り壊した費用などです。

建物は使うほど価値が減ると考えるため、購入代金から所有期間中の減価償却費相当額を差し引いた額が取得費になります。土地は減価償却しません。

購入時の契約書が見つからないときは、譲渡価額の5%を取得費とみなして計算できます。4,000万円で売れた家なら取得費は200万円しかなく、譲渡費用を引いても3,700万円前後がもうけとして残ります。実際は3,000万円で買っていても、証明できなければ使えないんです。売買契約書・領収書・住宅ローンの金銭消費貸借契約書は、売るまで捨てないでください。

税率は所有期間で2段階に分かれる

区分所有期間所得税＋復興特別所得税住民税合計
長期譲渡所得5年超15.315%5%20.315%
短期譲渡所得5年以下30.63%9%39.63%

復興特別所得税は基準所得税額の2.1%で、国税庁は令和29年分まで所得税とあわせて申告・納付すると案内しています。令和8年度税制改正で防衛特別所得税が創設され、令和9年分以後は復興特別所得税の税率が下がりますが、両者を合わせた税率は改正前と変わりません。

所有期間は、売った日ではなく売った年の1月1日で数えます。2020年6月に買った家を2026年3月に売ると、実際の保有は5年9か月ですが、2026年1月1日時点では5年7か月なので長期です。一方、2021年6月に買って2026年12月に売る場合は、1月1日時点で4年6か月なので短期になります。年をまたぐかで税率が倍近く変わるんです。

マイホームの3,000万円控除と10年超の軽減税率

住んでいた家を売る場合は、所有期間の長さを問わず、譲渡所得から最高3,000万円を差し引けます。

主な要件内容
対象現に住んでいる家屋と敷地。住まなくなった家は、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること
取り壊した場合取り壊しから1年以内に譲渡契約を結び、かつ上記の期限内に売ること。取り壊し後に駐車場などで貸していないこと
過去の特例売った年の前年・前々年にこの特例や譲渡損失の特例を受けていないこと
売った相手親子・夫婦など特別の関係がある人への売却でないこと
手続き譲渡所得の内訳書を添えて確定申告をすること

つまずきやすいのが住まなくなった後の期限で、2026年5月に引っ越したなら、3年後の2029年5月を過ぎた年末、つまり2029年12月31日までに売る必要があります。なお、特例を使うためだけに一時的に住んだ家や、別荘のように趣味・保養のための家は対象外です。

売った年の1月1日時点で家屋と敷地の所有期間がともに10年を超えていれば、3,000万円を引いた後の金額に、さらに低い税率を使えます。この2つは併用できます。

控除後の課税長期譲渡所得所得税＋復興特別所得税住民税合計
6,000万円以下の部分10.21%4%14.21%
6,000万円を超える部分15.315%5%20.315%

具体例で計算する

25年前に土地・建物あわせて3,500万円で買った自宅を、5,000万円で売った場合です。譲渡費用は170万円、建物の減価償却費相当額は900万円とします。

項目金額
譲渡価額50,000,000円
取得費（3,500万円 − 減価償却費相当額900万円）△26,000,000円
譲渡費用△1,700,000円
差引（特別控除前の譲渡所得）22,300,000円
3,000万円特別控除△22,300,000円（上限3,000万円）
課税される譲渡所得0円

税額はゼロですが、確定申告は必要です。契約書がなく概算取得費を使うと、取得費は5,000万円×5%＝250万円、差引は4,580万円で、3,000万円を控除しても1,580万円が残ります。10年超の軽減税率を使っても、税額はおよそ224万円。書類の有無だけで200万円以上変わります。

損が出たとき・相続した実家を売るとき

買ったときより安く売れた場合、土地建物の譲渡損失は原則として給与や年金と相殺できません。ただしマイホームには例外があり、住宅ローンのある新居に買い換える場合などは、損失を給与所得等と損益通算し、引ききれない分を翌年以後3年間繰り越せます。この特例は住宅ローン控除と併用できます。

主な要件内容
旧居宅売った年の1月1日で所有期間5年超
新居宅床面積50平方メートル以上。譲渡の年の前年1月1日から翌年12月31日までに取得
住宅ローン取得年の12月31日時点で償還期間10年以上のローンがあること
繰越の制限繰越控除を受ける年の合計所得金額が3,000万円以下であること

住んでいない実家には通常の3,000万円控除は使えず、かわりに空き家の3,000万円特別控除があります。

要件内容
対象期間平成28年4月1日から令和9年12月31日までの譲渡
家屋昭和56年5月31日以前に建築され、区分所有建物でないこと
売却期限相続の開始があった日から3年を経過する日の属する年の12月31日まで
売却代金1億円以下
控除額最高3,000万円。ただし令和6年1月1日以後の譲渡で、相続人が3人以上のときは2,000万円
建物の状態耐震改修をするか取り壊すこと。譲渡の時から翌年2月15日までに買主が行う場合も対象

もう1つは取得費加算の特例です。相続税を納めた財産を売るときは、負担した相続税のうち一定額を取得費に上乗せできます。期限は相続開始の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日まで、つまり相続開始から実質3年10か月です。相続税がかからなかった場合は使えません。

相続登記や遺産分割が終わっていないと売却に進めません。名義や境界の整理は「不動産を相続したら最初にやること」で扱っています。

売った後に効いてくる2つの影響

1つ目は住宅ローン控除です。旧居で3,000万円特別控除を受けると、新居の住宅ローン控除が受けられなくなる場合があります。新居に入居した年とその前後の一定期間に旧居を売って特例を使うと、控除の対象から外れる仕組みです。10年以上続くローン控除のほうが大きいこともあるので、買い換えではどちらが得かを先に比べてみましょう。

2つ目は保険料です。譲渡所得は、国民健康保険料・後期高齢者医療保険料・介護保険料の算定に使う所得に含まれます。使われるのは特別控除を引いた後の金額なので、ゼロになれば影響はありません。逆に控除しきれない額が残ると、売った翌年の保険料や医療費の窓口負担割合が上がることがあります。年金と保険料で暮らしている世帯ほど、無視できない影響です。

ここは誤解しやすいポイント

  • 税額がゼロでも申告は必要です。特別控除や軽減税率は自動では適用されず、売った翌年の確定申告で譲渡所得の内訳書を添えて初めて使えます。普段は年末調整だけの会社員も同じです

まとめ｜書類・期限・申告の3点で決まる

  • 税金は売れた金額ではなく「もうけ」にかかり、購入時の書類がないと税額が200万円以上変わることもある
  • 所有期間は売った年の1月1日で数え、住まなくなった家も相続した実家も「3年を経過する日の属する年の年末」が期限
  • 税額がゼロでも申告が必要。金額が大きい場合や相続がからむ場合は税理士に相談を

よくある質問

Q. 自宅を売ったら必ず税金がかかりますか？
かかるとは限りません。課税されるのは売れた金額ではなく、売れた金額から取得費と譲渡費用を差し引いた譲渡所得（もうけ）です。さらに住んでいた家であれば最高3,000万円の特別控除があるため、もうけが3,000万円以下であれば税額はゼロになります。ただし特別控除は確定申告をして初めて適用されます。
Q. 買ったときの契約書が見つかりません。取得費はどうなりますか？
取得費が分からない場合は、譲渡価額の5%を取得費とみなして計算します。5,000万円で売れたなら取得費は250万円です。実際には3,000万円で買っていたとしても、証明できなければその金額は使えず、もうけが大きく計算されて税額が跳ね上がります。売買契約書・領収書・住宅ローンの契約書は売却まで保管してください。
Q. 所有期間はいつからいつまでで数えますか？
売った日ではなく、売った年の1月1日時点で数えます。1月1日時点で5年を超えていれば長期譲渡所得で税率20.315%、5年以下なら短期譲渡所得で39.63%です。年をまたぐかどうかで税率が倍近く変わるため、5年前後で売却時期を検討している場合は引き渡し時期にご注意ください。
Q. 住んでいない実家を売る場合も3,000万円控除は使えますか？
自分が住んでいた家ではないため、通常のマイホームの3,000万円特別控除は使えません。ただし相続した空き家については別の特例があり、昭和56年5月31日以前に建築された区分所有でない家屋を、相続の開始があった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに1億円以下で売るなど、要件を満たせば最高3,000万円を控除できます。令和6年1月1日以後の譲渡で相続人が3人以上の場合は2,000万円が上限です。
Q. 自宅を売った翌年、健康保険料は上がりますか？
譲渡所得は国民健康保険料・後期高齢者医療保険料・介護保険料の算定に使う所得に含まれます。ここで使われるのは特別控除を差し引いた後の金額のため、3,000万円特別控除でもうけがゼロになれば保険料への影響もありません。控除しきれない額が残った場合は、翌年の保険料や医療費の窓口負担割合が上がることがあります。

参考資料

本記事は2026年8月6日時点の公開情報をもとに作成しています。復興特別所得税の課税期間は、2026年11月1日に国税庁タックスアンサー（令和8年4月1日現在法令等）で確認して改めました。 税制は改正され、適用の可否は物件・所有期間・過去の特例適用歴などの個別事情によって変わります。 実際の申告にあたっては国税庁の最新の情報をご確認のうえ、税務署または税理士にご相談ください。